राज्यमंत्रिपद मिळाल्यानंतर अमित देशमुख यांनी लातूर महापालिकेतील प्रभाग तेराच्या पोटनिवडणुकीसाठी तब्बल आठ बैठका घेऊनही काँग्रेसचा उमेदवार पराभूत झाला. दरम्यान, पोटनिवडणुकीतील पराभव लक्षात घेऊन देशमुख यांनी मंत्रिपदाचा राजीनामा द्यावा, अशी मागणी भाजप शहराध्यक्ष सुधीर धुत्तेकर यांनी केली. या निवडणुकीत भाजपने पािठबा दिलेले अपक्ष उमेदवार डॉ. विजय अजनीकर विजयी झाले.
काँग्रेस जिल्हाध्यक्ष अॅड. व्यंकट बेद्रे या प्रभागातून निवडून आले होते, मात्र त्यांच्या जातप्रमाणपत्राविषयी न्यायालयात याचिका दाखल झाली व त्यांचे मागासवर्गीय प्रमाणपत्र रद्द ठरले, त्यामुळे या प्रभागात पोटनिवडणूक घेण्यात आली. पोटनिवडणुकीत भाजप उमेदवाराचा अर्ज अवैध ठरला होता. त्यामुळे अपक्षाच्या मागे ताकद उभी करण्यात आली. काँग्रेसचे उमेदवार प्रशांत कांबळे यांना निवडून आणण्यासाठी राज्यमंत्री देशमुख यांनी प्रभागात तब्बल आठ बठका घेतल्या. शिवसेनेने विठ्ठल भोसले या अपक्षास पािठबा दिला होता, तर भाजप शहराध्यक्ष धुत्तेकर यांनी डॉ. अजनीकर यांना पािठबा दिला होता. मागील निवडणुकीत अजनीकर यांनी दुसऱ्या क्रमांकाची मते घेतली होती.
पोटनिवडणुकीसाठी रविवारी मतदान झाले. ७ हजार ८० पकी ३ हजार १२३जणांनी मतदान केले. भाजप पुरस्कृत अपक्ष उमेदवार डॉ. अजनीकर यांना १ हजार ४४२, तर काँग्रेस उमेदवार कांबळे यांना १ हजार २८६ मते मिळाली. अपक्ष उमेदवार भोसले यांना २९५, तर शिवप्रसाद शृंगारे यांना ७६ मते मिळाली. २४जणांनी नकाराधिकाराच्या मतदानाचा वापर केला.