एकनाथ खडसे विरोधी पक्षनेतेपदी असताना त्यांच्या भूमिकेवरून शरद पवार यांनी फार खोचकपणे टीकाटिप्पणी केली होती. शेतकऱ्यांच्या आत्महत्यांसाठी प्रेमसंबंध हेसुद्धा एक कारण आहे, या कृषिमंत्री असताना शरद पवार यांनी संसदेत दिलेल्या उत्तराचा सातत्याने उल्लेख करीत खडसे यांनी विधानसभेत जुने हिशेब चुकते केले.
शेतकऱ्यांच्या आत्महत्यांना व्यसने, प्रेमसंबंध आदी कारणे जबाबदार असल्याचे उत्तर गेल्याच आठवडय़ात केंद्रीय कृषिमंत्री राधेमोहन सिंग यांनी संसदेत दिले होते. विरोधी पक्षनेते राधाकृष्ण विखे-पाटील यांनी सिंग यांच्या या वक्तव्यावरून भाजपची कोंडी करण्याचा प्रयत्न केला. सिंग यांच्या मताशी सरकार सहमत आहे का? किंवा राज्य शासनाच्या माहितीवरूनच सिंग तसे बोलले का, असा सवाल विखे-पाटील यांनी केला.  महसूल व कृषिमंत्री खडसे यांनी, शरद पवार आणि राष्ट्रवादीवर पलटवार केला.
शेतकऱ्यांच्या आत्महत्यांबाबत २६ फेब्रुवारी, ६ ऑगस्ट आणि १६ ऑगस्ट २०१३ तसेच २१ फेब्रुवारी २०१४ मध्ये तत्कालीन कृषिमंत्री शरद पवार यांनी संसदेत दिलेल्या उत्तरांच्या प्रतींमध्येच प्रेमसंबंध, बेरोजगारी, आजारपण, कौटुंबिक अडचणी, संपत्तीचा वाद, दिवाळखोरी, नपुंसकता अशी कारणे दिल्याकडे खडसे यांनी लक्ष वेधले. शरद पवार यांनी तसे उत्तर दिले होते व त्याची  नवे कृषिमंत्री सिंग यांनी री ओढली. पवार यांनीच प्रेमप्रकरणातून शेतकऱ्यांनी आत्महत्या केल्याचे सांगत खडसे यांनी राष्ट्रवादीच्या सदस्यांना डिवचले.