शीनाची हत्या करणाऱ्या इंद्राणी मुखर्जीने हत्येची योजना काही महिने आधी बनवली होती. त्यासाठी तिने सविस्तर अभ्यास केला होता. मार्च २०१२ मध्ये करण कक्कर या चित्रपट निर्मात्याची ज्या पद्धतीने हत्या झाली त्याप्रमाणेच इंद्राणीने शीनाची हत्या करण्याचा कट रचला होता.
शीना बोराच्या हत्येचा उद्देश अद्याप स्पष्ट झालेला नसला, तरी नियोजनबद्धरीत्या तिने ही हत्या घडवून आणली होती. विजय पालांडे याने मुंबईतील चित्रपट निर्माता करण कक्कर याची हत्या केली होती. त्याचा मृतदेह सुटकेसमध्ये टाकून सातारा महामार्गाजवळील कुंभार्ली घाटात टाकून दिला होता. इंद्राणीनेही तीच पद्धत वापरली. दुसरा पती संजीव खन्नाला कोलाकात्याहून बोलावले. २३ एप्रिलला वाहनचालक श्याम राय याला घेऊन रायगडच्या पेणच्या गागोदे गावातील जंगलात जाऊन पाहणी केली. २४ एप्रिलला शीनाची हत्या करून त्या जंगलात मृतदेह टाकला.
दरम्यान, पीटर मुखर्जी यांच्या बदलत्या विधानांमुळे त्यांच्यावरील संशय बळावला आहे. सुरुवातीला त्यांनी मला काहीच माहिती नसल्याचे सांगितले. शुक्रवारी त्यांची खुद्द पोलीस आयुक्तांनी चौकशी सुरू केली होती.
