नव्याने येऊ घातलेल्या राज्य सहकारी निवडणूक प्राधिकरणावर विभागातील अधिकाऱ्यांचीच वर्णी लावून सहकारावरील हुकूमत कायम ठेवण्याच्या हालचाली सुरू आहेत. तर दुसरीकडे अन्य राज्यांप्रमाणे निवृत्त वरिष्ठ सनदी अधिकारी  प्राधिकरणावर नेमण्याची मागणी जोर धरत असून मुख्यमंत्री कोणती भूमिका घेतात यावर या प्राधिकरणाच्या स्वायत्ततेचे भवितव्य अवलंबून आहे.
नव्या कायद्यानुसार सहकारी सस्थांचा कार्यकाल पूर्ण होण्यापूर्वीच त्यांच्या निवडणुका घेणे बंधनकारक करण्यात आले आहे. त्यासाठी राज्य निवडणूक आयोगाच्या धर्तीवर राज्य सहकारी निवडणूक प्राधिकरण स्थापन करण्यात येणार आहे. या नव्या व्यवस्थेमुळे सहकारी संस्थांवरील सरकारची म्हणजेच सहकार विभागाची व पर्यायाने सहकार मंत्र्याची राज्यातील सहकारी संस्थांवरील हुकूमत संपुष्टात येणार असल्याने सहकार खाते नामधारी ठरणार आहे. त्यामुळे निवडणूक प्राधिकरणाच्या माध्यमातून या संस्थांवरील आपली हुकूमत कायम ठेवण्याच्या हालचाली सहकार विभागाने सुरू केल्या आहेत. या प्राधिकरणाचे मुख्यालय पुण्यात ठेवण्याबाबत दोन्ही पक्षांमध्ये एकमत झाले असले तरी प्राधिकरणावरील नियुक्त्यांवरून काँग्रेस आणि राष्ट्रवादीमध्ये जोरदार रस्सीखेच सुरू असून यावर अद्याप मतैक्य झालेले नाही.
प्राधिकरणावर सहकार विभागातीलच अधिकाऱ्याची नियुक्ती करावी अशी भूमिका या खात्याचे मंत्री हर्षवर्धन पाटील यांनी घेतली असून त्यासाठी त्यांनी मुख्यमंत्र्याचे मनही वळविण्याचा प्रयत्न सुरू  केला आहे. तर निवृत्त सनदी अधिकाऱ्यांचीच या पदावर नियुक्ती व्हावी अशी भूमिका राष्ट्रवादी काँग्रेसने घेतली आहे. अन्य राज्यांमध्ये या पदावर निवृत्त मुख्य सचिव दर्जाच्या अधिकाऱ्यांची नियुक्ती करण्यात येणार आहे. मात्र महाराष्ट्रात सहकार मंत्र्यांच्या भूमिकेनुसार सहकार विभागातील अधिकाऱ्यांची या पदावर नियुक्ती झाल्यास, घटनादुरूस्तीच्या मुळ उद्देशालाच बदल दिली जाईल. अशी भीती व्यक्त होत आहे. सहकारमंत्री आपल्याच मर्जीतील अधिकाऱ्याची मुख्य निवडणूक अधिकारी म्हणून वर्णी लावतील, त्यातून पारदर्शी निवडणूका होतील का, असा संशय व्यक्त करीत काही मंत्र्यांनी निवृत्त मुख्य सचिव अथवा ज्येष्ठ सनदी आधिकाऱ्याची या पदावर नियुक्ती करावी असा आग्रह धरला आहे. त्यामुळे मुख्यमंत्री कोणती भूमिका घेतात यावरच या प्राधिकरणाचे भवितव्य ठरणार आहे.