काँग्रेस-राष्ट्रवादी आघाडी सरकारच्या काळात सुमारे १६०० कोटींच्या घोटाळ्याचा ठपका ठेवून राज्य सहकारी बँकेच्या संचालक मंडळावर बरखास्तीची कारवाई करण्यात आलेली असली तरा राज्य सहकारी बँकेने मात्र आपले फक्त ३५० कोटींचेच नुकसान झाल्याचा दावा केला आहे. त्यामुळे सरकारची कारवाई वादाच्या भोवऱ्यात सापडली आहे.
मनमानी कर्जवाटप आणि चुकीच्या निर्णयांमुळे बँकेस १६०० कोटी रूपयांचे नुकसान झाल्याचा ठपका ठेवून राज्य सरकारने सन २००१ मध्ये रिझव्‍‌र्ह बँकेच्या आदेशानुसार बँकेचे संचालक मंडळ बरखास्त करून चौकशीचे आदेश दिले होते. सहकार आयुक्तांच्या अहवालात बँकेचे तत्कालीन अध्यक्ष माणिक पाटील, उपाध्यक्ष बाळासाहेब सरनाईक यांच्यासह माजी मुख्यमंत्री अजित पवार, खासदार विजयसिंह मोहिते पाटील, आनंदराव अडसूळ, दिलीप देशमुख, पांडुरंग फुंडकर, अमरसिंह पंडित आदी ७६ माजी संचालकांवर ठपका ठेवण्यात आला होता. प्राथमिक चौकशीत तत्कालीन संचालक मंडळ दोषी असल्याचा निष्कर्ष काढल्यानंतर सहकार कायद्याच्या कलम ८८ अन्वये या संचालकांवर नुकसानीची जबाबदारी निश्चित करण्यासाठी शिवाजी पहिनकर यांची प्राधिकृत अधिकारी म्हणून नियुक्ती करण्यात आली आहे. पहिनकर यांनी आतापर्यंत केलेल्या चौकशीत बँेकेत घोटाळा झाल्याचा निष्कर्ष काढीत बँकेच्या तत्कालीन संचालकांवर ११ दोषारोप ठेवले आहेत. त्यामध्ये तोटय़ातील आठ साखर कारखान्यांना दिलेल्या कर्जात २९७ कोटींचे नुकसान, १४ साखर कारखान्यांची थकीत कर्जवसुली न केल्याने ४८७ कोटींचे नुकसान, केन अ‍ॅग्रो इंडियाची थकहमी रद्द झाल्याने ५४ कोटींचा तोटा, १७ कारखान्यांच्या तारण मालमत्ता विक्रीत अनियमितता झाल्याने ५८५ कोटींचे नुकसान आदी दोषारोपांचा समावेश आहे. माजी संचालकांनी मात्र आरोप फेटाळून लावले आहेत.