शिक्षणाचे माहेर घर असलेल्या पुण्यात फेब्रुवारी २०१० मध्ये जर्मन बेकरीत बॉम्बस्फोट होऊन त्यात निष्पाप १७ व्यक्ती
मृत्युमुखी, तर ५६ जण गंभीर जखमी झाले होते. या स्फोटामागे केंद्र सरकारने बंदी घातलेल्या इंडियन मुजाहिदीन व लष्कर ए तैयबा या दहशतवादी संघटनांचा हात आहे. त्यामुळे ही घटना फक्त बॉम्बस्फोटापुरती मर्यादित नसून तो एक नियोजित दहशतवादी कटाचा भाग होता,असे मत विशेष सरकारी वकील राजा ठाकरे यांनी शुक्रवारी न्यायालयात युक्तिवाद करताना व्यक्त केले.
जर्मन बेकरी खटल्यात सर्व साक्षीदार संपल्यानंतर सरकार पक्षाच्या युक्तिवादाला शुक्रवारी सुरुवात झाली. ठाकरे म्हणाले की, या स्फोटातील आरोपी मिर्झा हिमायत बेग याचा सहभाग आहे. घटनेच्या वेळी तो यासीन भटकळ, रियाज भटकळ, इक्बाल भटकळ, मोहसीन चौधरी, फैयाज काझजी यांच्या संपर्कात होता. या स्फोटामागे केंद्र सरकारने बंदी घातलेल्या संघटनांचा हात आहे. त्यामुळे ही घटना फक्त बॉम्बस्फोटापुरती मर्यादित नसून तो एक नियोजित दहशतवादी कटाचा भाग होता. या दृष्टिकोनातून त्याकडे पाहिले पाहिजे. बेग हा कोलंबोला जाऊन आल्याचे सिद्ध झाले आहे. त्याचा या गुन्ह्य़ात सहभाग असल्याचे पुरावे न्यायालयात सादर करण्यात आले आहेत.
