महाविद्यालयांना पूर्णवेळ प्राचार्य असणे अनिवार्य असल्याबाबत विद्यापीठ अनुदान आयोगाने स्पष्ट निर्देश दिले असतानाही नागपूर विद्यापीठाच्या अखत्यारितील निम्म्याहून अधिक महाविद्यालये नियमित प्राचार्यांशिवाय काम करत आहेत, तर कित्येक महाविद्यालयांमध्ये एकही नियमित अधिव्याख्याता नाही.
नागपूर विद्यापीठाशी संलग्न असलेल्या ८२२ महाविद्यालयांपैकी ४५० हून अधिक महाविद्यालये पूर्णवेळ प्राचार्याशिवाय काम करत आहेत, तर ३२२ महाविद्यालयांमध्ये एकही अधिव्याख्याता नाही, असे सिनेट सदस्य सुनील साखरकर यांनी विचारलेल्या प्रश्नाच्या उत्तरात विद्यापीठानेच सांगितले आहे. विद्यापीठ आणि त्याच्याशी संलग्न महाविद्यालयांमधील शिक्षणाचा ढासळत्या दर्जाबाबत त्यांच्यावर टीका होत असली, तरी ही परिस्थिती सुधारण्यासाठी दोघेही काही प्रयत्न करत नसल्याचे हे निदर्शक आहे. महाविद्यालयांमध्ये नियमित प्राचार्य असणे अनिवार्य असल्याबाबत यूजीसीने मार्गदर्शक तत्वे निश्चित केलेली असतानाही अशी परिस्थिती आहे.
विद्यापीठाचे अनेक विभागदेखील पूर्णवेळ प्रमुख किंवा शिक्षकांशिवाय काम करत असल्याची माहिती विद्यापीठातील सूत्रांनी दिली. अशा महाविद्यालयांविरुद्ध काही कारवाई करण्यात आली काय, अशी विचारणा साखरकर यांनी केली होती. त्यावर, या महाविद्यालयांना रिक्त जागा भरण्यासाठी वेळोवेळी सांगण्यात आले असल्याचे उत्तर विद्यापीठाने दिले आहे. पूर्णवेळ प्राचार्य आणि अधिव्याख्यात्यांशिवाय काम भागवत असलेल्या व्यवस्थापनांना नव्या शिक्षण संस्था सुरू करण्याची परवानगी देण्याबाबत त्यांनी विचारलेल्या प्रश्नाला विद्यापीठाचे प्रशासन काहीही उत्तर देऊ शकले नाही.
खाजगी महाविद्यालयांच्या दडपणाला बळी पडून, त्यांच्यावर कारवाई करण्याऐवजी विद्यापीठ प्रशासन त्यांच्या मर्जीप्रमाणे वागत असल्याबद्दल व्यवस्थापन परिषदेचे सदस्य महेंद्र निंबर्ते यांनी टीका केली आहे.
 ‘नॅक’ ने दिलेल्या सुमार रेटिंगमधून हे दिसून येत आहे. यापैकी बहुतांश महाविद्यालये राजकीय नेत्यांची असून नियमांची पायमल्ली करणे हे त्यांच्यासाठी नवे नाही, असे निंबर्ते म्हणाले. २००९ सालापासून विद्यापीठाने मंजुरी दिलेल्या १३९ नव्या महाविद्यालयांपैकी बहुतांश अशा व्यवस्थापनांची आहेत, जे आधीच पूर्णवेळ प्राचार्य, नियमित शिक्षक आणि पुरेशा सोयी यांच्याशिवाय महाविद्यालये चालवत आहेत. विद्यापीठाने त्यांच्याबाबत कठोर धोरण स्वीकारून अशा महाविद्यालयांतील प्रवेश थांबवावेत आणि त्यांची संलग्नता रद्द करावी, अशी आमची मागणी असल्याचे निंबर्ते यांनी सांगितले.
मुंबई उच्च न्यायालयाच्या नागपूर खंडपीठाने ३ डिसेंबर २००८ रोजी एका जनहित याचिकेवर निर्णय देताना महाराष्ट्र सरकार आणि राज्यातील सर्व विद्यापीठांना सर्व महाविद्यालयांमधील प्राचार्याची पदे ३१ मे २००९ पूर्वी भरली जातील, हे निश्चित करण्याचे निर्देश दिले होते.
यानंतर परिस्थितीत सुधारणा करण्यासाठी काही पावले उचलण्यात येऊन विद्यापीठाने नियमित प्राचार्याशिवाय काम करणाऱ्या ३४१ महाविद्यालयांना काळ्या यादीत टाकले,  तसेच २०१०-११ या शैक्षणिक वर्षांपासून त्यांचे प्रथम वर्षांचे प्रवेश थांबवले होते, परंतु याविरुद्ध खाजगी महाविद्यालये सर्वोच्च न्यायालयात गेली असता तेथे त्यांना दिलासा मिळाला. तथापि, नियमित प्राचार्य आणि शिक्षक नेमण्याबाबत वेळापत्रक निश्चित करता येत नसले, तरी त्यांच्याअभावी शिक्षणाच्या दर्जावर परिणाम होत असल्याने विद्यार्थ्यांच्या हितासाठी त्यांच्या नेमणुकीची प्रक्रिया सुरू राहायला हवी, असे सर्वोच्च न्यायालयाने स्पष्ट केले होते, मात्र या निर्देशांचेही पालन होत नसल्यामुळे अशा चुकार महाविद्यालयांची संख्या वाढत आहे.